Knjižnica Hrvatskog hidrografskog instituta specijalna je knjižnica čiji fond obuhvaća stručnu i znanstvenu literaturu iz područja prirodnih i tehničkih znanosti, posebno onih vezanih uz istraživanje mora i plovidbu morem. Namijenjena je u prvom redu znanstvenoistraživačkom osoblju Instituta, ali je dostupna i stručnjacima iz drugih znanstvenih ustanova i fakulteta te studentima.

Fond knjižnice obuhvaća oko 8000 naslova monografskih i serijskih publikacija te doktorskih disertacija i magistarskih radova. Referentna zbirka sadrži enciklopedije, specijalizirane rječnike, leksikone i priručnike, bibliografije, almanahe, godišnjake, geografske atlase te specijalizirane oceanografske i meteorološke atlase.

Knjižnica redovito prima i čuva u svom fondu navigacijske publikacije iz raznih zemalja na različitim jezicima dobivene razmjenom s hidrografskim institutima diljem svijeta i sličnim ustanovama koje se bave istraživanjem mora.

Preko Centra za online baze podataka knjižnica osigurava pristup najrelevantnijim elektroničkim bazama podataka iz pojedinih znanstvenih područja te cjelovitim tekstovima znanstvenih elektroničkih časopisa najvećih svjetskih izdavača.