Razvoj i aktivnosti. Organizirana hidrografska djelatnost na Jadranu datira od 1860. godine, kad je utemeljen Hidrografski zavod u Trstu. Zavod 1920. godine prelazi u Pulu, te u idućem razdoblju pod različitim nazivima mijenja sjedišta duž jadranske obale: Tivat (1922.), Dubrovnik (1923.), Split (1929.), Hvar (1943.), Vis (1944.), Monopoli (1944.) i konačno Split (1944.). Hidrografski ured 1937. godine dobiva naziv Hidrografski institut mornarice, te kao takav nastavlja djelatnost i poslije Drugog svjetskog rata.
Zakonom o ustrojstvu republičke uprave 10. travnja 1992. Hrvatski sabor utemeljio je Republički hidrografski institut, kasnije preimenovan u Državni hidrografski institut.
Zakonom o hidrografskoj djelatnosti (NN br. 68/98, 110/98, 163/03 i 71/14) preustrojen je u javnu ustanovu pod nazivom Hrvatski hidrografski institut (HHI) i u takvoj organizaciji djeluje od 5. siječnja 2000.
Hrvatski hidrografski institut obavlja hidrografsku djelatnost od interesa za Republiku Hrvatsku, koja obuhvaća znanstvenoistraživačku djelatnost i aktivnosti te razvojne i stručne poslove vezane uz sigurnost plovidbe Jadranom, hidrografsko-geodetsku izmjeru Jadrana, marinsku geodeziju, projektiranje i izradu pomorskih karata i publikacija, oceanološka istraživanja, istraživanje geologije podmorja te izdavačko-tiskarske poslove.
Institut je ovlašten za razvoj službe sigurnosti plovidbe na Jadranu u okviru svjetskog sustava sigurnosti plovidbe, a u suradnji s Ministarstvom mora, prometa i infrastrukture, lučkim kapetanijama, lučkim upravama, Hrvatskom ratnom mornaricom, ustanovom za održavanje pomorskih plovnih putova te hidrografskim institutima i uredima pomorskih zemalja svijeta, u skladu s preporukama:
- Međunarodne hidrografske organizacije (IHO)
- Međunarodne pomorske organizacije (IMO)
- Međunarodnog udruženja uprava pomorske signalizacije (IALA).
Svi prikupljeni i obrađeni podaci pohranjuju se u arhiv originala i izmjere odnosno u baze podataka HHI-ja. U arhivu se čuvaju i kartografski originali svih tiskanih karata kao i karata iz razmjene.
U izložbenom prostoru povijesti hidrografije izložen je instrumentarij i prikazan način rada i djelovanja Hidrografskog instituta u proteklom razdoblju.
Knjižnica Hrvatskog hidrografskog instituta u svom fondu ima oko 9000 stručnih knjiga i časopisa, sakupljenih tijekom dugogodišnjeg rada, među ostalim i razmjenom s hidrografskim institutima i srodnim ustanovama u svijetu.
Hrvatski hidrografski institut ima dva istraživačka broda (Hidra i Palagruža) i malu brodicu, koji su namijenjeni za obavljanje hidrografske djelatnosti.