Ured za hidrografsku izmjeru obavlja stručne poslove hidrografske izmjere koju čine: izmjera dubina mora, marinska geodezija, geodetska i druga snimanja objekata u priobalju, u moru, na morskom dnu i u podmorju, zatim geologija i geofizika mora, oceanologija te poslovi zaštite morskog okoliša u dijelu koji je od značaja za hidrografiju i hidrografsko-navigacijsko osiguranje plovidbe. Osim toga, provodi upravni postupak ovjere hidrografskih originala/ elaborata i drugih elaborata ovlaštenih pravnih osoba, održava i uspostavlja baze podataka o moru iz područja svoje nadležnosti, organizira mrežu stalnih i povremenih objekata hidrografije za prikupljanje podataka te skrbi o održavanju u plovnom stanju plovnih objekata Instituta.

Ured za hidrografsku izmjeru obuhvaća: Hidrografski odjel, Oceanološki odjel te Odjel plovnih objekata i managementa.