Ured za međunarodne i EU poslove i kontrolu kvalitete obavlja stručne i administrativne poslove te koordinira aktivnosti Instituta u pripremi, provedbi i praćenju nacionalnih i regionalnih projekata koji su financirani iz sredstava Europske unije i drugih inozemnih izvora, provodi aktivnosti koje se odnose na međunarodnu suradnju s drugim međunarodnim ustanovama i organizacijama, obavlja poslove ugovaranja, provedbe i praćenja bilateralne suradnje s hidrografskim uredima drugih zemalja. Također, bavi se poslovima vezanim za obveze Instituta kao člana Međunarodne hidrografske organizacije i Međunarodne pomorske organizacije, poslovima koji se odnose na licencnu upotrebu podataka Instituta u izvedenim komercijalnim i nekomercijalnim proizvodima te distribucijom elektroničkih navigacijskih karata. Obavlja i poslove podrške u upravljanju kvalitetom, koordinacije interne i eksterne revizije procesa koji su utvrđeni prema normi HRN ISO 9001, poslove pisarnice, arhiviranja i čuvanja registraturne građe koja nastaje radom Instituta, poslove koji se tiču odnosa sa sredstvima javnog informiranja te poslove komunikacije s tijelima državne i javne vlasti.

Ured za međunarodne i EU poslove i kontrolu kvalitete obuhvaća: Odjel za međunarodnu suradnju i EU projekte te Odjel za kontrolu kvalitete i planske poslove.