Ured za pravne, financijske i informatičke poslove obavlja stručne poslove koji se odnose na pravne, kadrovske, računovodstvene, financijske, knjigovodstvene, komercijalne i informatičke poslove Instituta. U uredu se izrađuju normativni akti, rješavaju pravne i kadrovske problematike vezane za ostvarivanje prava i obveza iz radnog odnosa, izrađuju financijski plan i godišnji obračun Instituta. Također, ured obavlja prodaju pomorskih navigacijskih karata i publikacija te Oglasa za pomorce, kao i poslove vezane za računalnu i komunikacijsku infrastrukturu Instituta, sudjeluje u projektiranju, izgradnji i održavanju baza podataka za pohranu podataka koji su prikupljeni obavljanjem hidrografske djelatnosti te se bavi poslovima koji se odnose na razvoj portala prostornih podataka o moru.

Ured za pravne, financijske i informatičke poslove obuhvaća: Pravni, kadrovski i opći odjel, Računovodstveni, financijski i komercijalni odjel te Informatički odjel.