Djelatnost Hrvatskog hidrografskog instituta (HHI) je od strateškog interesa za Republiku Hrvatsku. Definirana je Zakonom o hidrografskoj djelatnosti kao temeljnim zakonskim aktom, ali i mnogobrojnim drugim zakonima od kojih su najvažniji Pomorski zakonik i Zakon o pomorskom dobru i morskim lukama, za koje je nadležno Ministarstvo mora, prometa i infrastrukture. Projekti koje izrađuje HHI su multidisciplinarni. Najčešće se odnose na sigurnost plovidbe te, naročito u posljednje vrijeme, na djelatnosti povezane s morem: turizam, zaštita okoliša (havarije brodova, mjesta zakloništa, balastne vode, kanalizacijski sustavi itd.), hidrotehnički projekti i iskorištavanje nafte i plina.

Inicijatori i korisnici projekata su Vlada i ministarstva Republike Hrvatske te razni gospodarski subjekti čija je djelatnost povezana s morem i podmorjem. HHI sudjeluje u znanstvenim projektima Ministarstva znanosti, obrazovanja i športa, samostalno ili u suradnji s drugim znanstvenim institucijama. Osim toga, važno je istaknuti da HHI izrađuje studije o utjecaju na okoliš i elaborate zaštite okoliša, u skladu sa zakonskim propisima u nadležnosti Ministarstva zaštite okoliša, prostornog uređenja i graditeljstva.