Navigacijske publikacije opisno daju podatke važne za sigurnost plovidbe koji se ne mogu prikazati na kartama. Izdaju se kao povremene publikacije (Peljari, Popis svjetala i signala za maglu, Nautičke tablice, Radioslužba) i kao periodične publikacije (Nautički godišnjak, Tablice morskih mijena). Sastavljene su na temelju podataka koje prikuplja HHI i ostali subjekati sigurnosti plovidbe, a izrađene su prema preporukama Međunarodne hidrografske organizacije.
Ostale publikacije obuhvaćaju razna znanstveno-stručna izdanja iz područja pomorstva, brodogradnje, pomorskog prava, nautičkog turizma i ekonomije, te publikacije iz serije Posebna izdanja s tematikom povijesnog razvoja pomorstva, hidrografije i kartografije na Jadranu.